国家财政部于2008年11月13日发出通知，从12月1日起调整化肥及部分化工产品的出口关税。根据新方案，化肥出口将从12月起设定淡季基准价，同时将之前化肥产品125%~185%(9月到12月底)的关税税率，下调为10%到110%，执行时间截止09年年底。
此次调整后，三类主要化肥尿素、磷酸一铵和磷酸二铵的价格在旺季的出口关税税率是110%，其中三种化肥产品的旺季暂定关税税率为35%，特别关税税率为75%；淡季期间，如果出口价格不高于基准价格时关税税率为10%；当出口几个高于基准价格时，关税税率按(1.1-基准价格/出口价格)×100来收取。新的税率方案中，我国化肥产品在08年12月1日到09年年底期间设立基准价，磷酸一铵和磷酸二铵的基准价为3,700元/吨和4,000元/吨，尿素的基准价格是2,300元/吨。
尿素和磷肥的淡旺季时间段划分有所不同，尿素的旺季为2009年2-6月、9月1日-11月15日，淡季为2008年12月、2009年1月、2009年7-8月；磷酸一铵和磷酸二铵的旺季为2009年2-5月、8-10月，淡季为2008年12月、2009年1月、2009年6-7月、2009年11-12月。
此次调整化肥出口关税对国内氮肥和磷肥淡季出口有推动作用，而对于旺季而言，110%的关税税率仍使得化肥出口难以成行。从目前国际化肥市场来看，关税调整对氮肥和磷肥的影响也不一样。目前，国内磷酸二铵价格在3,200元/吨左右，而国际磷肥价格仍在800美元/吨以上(折合人民币5,400元/吨以上)，国内磷肥价格远低于国际磷肥价格，国内磷肥出口有价格优势，这将在一定程度上缓解国内磷肥库存积压的问题。相对磷肥而言，氮肥的出口形势不容乐观，目前国内和国际氮肥市场价格基本持平，再加上出口关税和手续费等，氮肥出口没有明显优势可言。
由于国内磷肥企业的磷矿石资源优势，随着国际硫磺价格大幅回落，以当前的原材料价格测算，国内企业生产磷酸二铵的成本在2,200元/吨左右，国内磷酸二铵价格09年将回落到历史正常范围2,500元/吨左右。对比国际磷肥市场的情况，即使磷肥价格出现20%的下滑，国内磷肥出口价格仍将高于国内销售价格。预计09年国内磷肥企业出口形势较好，出口收入对业绩提升有帮助。
前期因为高成本硫磺和磷肥库存的影响，市场对磷肥企业做出了较坏的预期。国家出口的放宽将减轻企业压力，同时随着09年需求上升，国内产能过剩压力消除，行业盈利状况将有大幅度改善。湖北宜化、云天化以及六国化工库存压力和现金流压力有望消除，国内磷肥价格也有望稳定。
考虑到成本和国际市场氮肥价格，国内氮肥出口仍将困难。由于前期国内尿素价格低于成本，国内部分厂家处于停工获检修状态，停产产能达750万吨/年，而需求将逐渐回升，预计09年国内氮肥产量和需求将达到平衡，库存压力不大。随着煤炭价格的下跌，氮肥整体毛利率将有所提升，但比08年上半年有大幅下降。有成本优势的氮肥生产企业有较好的成长性，其中，四川美丰和湖北宜化即将投产的鄂尔多斯尿素项目均属于气头尿素，成本优势明显。
本次关税调整还取消了硝酸铵、硫酸铵的出口关税，降低了黄磷、磷酸(100%下降到75%)和合成氨的出口特别关税(从150%下降到75%)，对国内生产企业利好。但国际上硝酸铵价格下跌到160美元，出口机会不大，而国内黄磷价格继续下滑，价格在14,000元/吨左右。国际黄磷和磷酸需求也比较低迷，目前国际磷酸价格在1,100美元/吨，国内关税75%情况下可以出口，对国内的黄磷和磷酸价格有一定支撑，但总体改善不明显。
