目前，国家及地方各级物价主管部门通过制定化肥的出厂价、限价、价格差率、化肥成品的运价、化肥原料运价、化肥生产所需电、燃料价格及税收优惠等办法，降低化肥价格，间接补贴农民，从而调整与分配各市场主体之间的利益。事实证明，这种行政化的利益分配方式，并不能很好地协调相关主体的利益。目前，化肥生产企业认为国家只控制化肥的终端价格，不控制其原材料、能源、动力的价格，优惠天然气价、电价在一些地方没有很好地执行，国家限价没有考虑到成本的动态性。化肥经营企业认为化肥价格倒挂，车皮紧张，“优惠运价”有价无市。铁路部门认为对化肥实行优惠运价不仅使运输企业亏损，而且使可以通过水运或公路运输的化肥挤到了铁路，加重了铁路的运输压力。农民认为化肥价格上涨过快，抵消了农产品价格上涨而获得的收益。

　　据调查研究，现行补贴方式存在的问题主要表现在以下几个方面：

　　首先，农民没有完全从优惠政策中获益。经初步测算，2004年国家财政、铁路、电力、天然气等部门对化肥的各种补贴超过100亿元，其中：铁路部门化肥优惠运价补贴约42亿元。在巨额的补贴下，今年上半年化肥等农资价格与去年同期相比，平均上涨幅度仍达到14%，其中尿素由去年上半年的1300～1400元/吨涨到了目前的1800-1900元/吨，涨幅超过40%。上半年农民因化肥等农资价格上涨人均多支出30.2元。

　　其次，不利于化肥生产、经营企业按市场需求组织生产、购销。现行的对于化肥生产与经营企业的各种优惠、补贴与限价，模糊了企业的经营性亏损与政策性亏损的界限，企业因原材料、燃料等涨价增加了多少成本、因限价损失了多少利润、享受了多少政策优惠、农民从补贴中间接获得了多少收益等很难算清楚。政策性亏损与经营性亏损混在一起，为企业向政府要价提供了借口，不利于化肥生产、经营企业按市场需求组织生产、购销，不利于企业改善自身的经营管理。

　　第三，不利于化肥行业的结构调整和优化。化肥行业是能耗较高的行业，据中国氮肥工业协会统计，尿素生产成本中电价约占25%，燃料约占70%。电力、燃料等实行优惠价格，使那些规模小、技术水平低、耗能大的小化肥企业也能得已生存。这无疑会加剧我国目前煤、电、油、气全面紧张的局面，不利于我国可持续发展战略的贯彻实施。同时，优惠电价、气价，使化肥生产企业减少了降低成本的压力，不利于化肥生产企业走节能降耗、节约资源、技术创新的新型工业化道路，不利于化肥行业结构的调整和优化升级。

　　第四，加剧了铁路运输的压力。目前，我国铁路货物运输能力只能满足35%的市场需求。铁路部门按正常价供应车皮尚难以满足需求，对低价提供车皮的积极性更低。所以化肥生产经营企业的原材料、产品运输都较困难，一些企业为了减少库存、满足市场需求，采用不正当的给好处、行贿等办法获得车皮，助长了腐败现象的滋生，增加了流通成本，部分抵消了铁路的优惠运价政策；低运价使得部分可以通过水路与公路运输的货物都集中到了铁路，加剧了铁路运输的压力。

　　为更好地协调化肥产、供、销、运、消费各方的利益，理顺化肥的生产、流通体制，有建议认为应转变化肥补贴方式。

　　借鉴粮食流通体制改革的经验，对化肥的生产、经营与运输进行市场化取向的改革，对农民实行直补。将补贴给化肥生产、经营企业的资金直接补贴给农民，按我国目前农村人口7.7亿计算，农民人均可获得15元。同时，放开化肥的购销价格、取消铁路对化肥的优惠运价、取消化肥生产用天热气、电力的优惠价格。化肥的生产、经营、运输及消费各个环节都认为，化肥的管理计划色彩较浓，应充分发挥市场机制的作用，淡化政府的行政干预，让市场机制来分配各主体之间的利益。

　　直补资金主要应由中央财政筹集解决。在目前中央财政比较困难的情况下，可考虑从铁路、电力、天然气等部门的涨价收益中调剂补充。从这些部门调剂部分资金直补农民，从短期看是可行的，因为：目前这些部门实际上就已经从生产、经营与运输环节补贴了化肥，如果取消对化肥生产、经营、运输的各种优惠政策，铁路、电力等部门必定从涨价中增加收益，将增加的部分收益直补给农民，只是将暗补变为明补，总体上并没有增加这些部门的负担。在具体操作上可将这些部门的涨价收益分别设立农用化肥专项基金，统一上缴财政。今后，随着我国财政收入状况的逐步改善，逐年增加国家财政对农民用化肥的直接补贴，同时，递减直至取消其他部门对化肥的补贴，充分尊重市场主体的利益。

　　直补的范围可以按应税耕地面积计算。直补的渠道可以借鉴粮食与大型农机具补贴的渠道，由财政与有关部门共同负责。