对于现行的肥料登记管理办法和正在征求意见的《条例》，大家争议的焦点和反映最强烈的又是什么呢？
2004 年8月份，农业部公布《肥料管理条例》（征求意见稿）时，中国磷肥工业协会在征求了部分企业和省化肥协会的意见后就提出了意见，报给了国家发改委、商务部等单位。后来《肥料管理条例》（送审稿）出台后，2006年2月28日，中国磷肥工业协会在征求各方面的意见后，又向国务院法制办公室递交了对农业部《肥料管理条例（送审稿）》的意见（以下简称《意见》）。《意见》旗帜鲜明地指出送审的《条例》是《肥料登记管理办法》的扩充和翻版，其中的内容引起了众多化肥生产企业和营销单位的意见和争议，并认为这个条例是以登记为核心、以收缴和罚款为重点的办法，不符合“行政许可法”，缺乏必要性和科学性。
其中反映最突出的就是要求对生产工艺成熟、化学组成稳定，多年证明无毒无害的化学肥料，特别是复合（混）肥料要求免于登记。协会认为：“以氮、磷、钾为基础的化肥（氮肥、磷肥、钾肥、复合肥及以它们为原料生产的复混肥料）经国内外农业长期使用，其肥效、安全性、毒性得到长期、广泛、充分的证明和公认，属于安全、有效的化肥品种，与农药、兽药有本质的区别。而且，很多复混肥料的配方又是农业部门、农业专家提出的，再花费大量的人力、物力、财力对化肥进行登记，是一种资源浪费。”
此外磷肥中的过磷酸钙、钙镁磷肥、复混肥料（复合肥料）等化肥产品是国家强制实行生产许可证管理的产品，没有生产许可证不允许生产和销售。《条例》中的要求已在生产许可证中充分体现，并且更加严格、全面、成熟和规范，生产许可证一证管理完全可满足生产管理、质量管理的需求。并且自1994年以来，国家一直对复混肥料产品实施强制性国家标准管理，2008年掺混肥料（BB肥）又单独制定了强制性国家标准。因此中国磷肥工业协会认为，这些肥种有标准控制和生产许可证管理即可，没有必要再进行登记管理。
协会认为，如果按《条例》规定执行，不仅不利于肥料行业的发展和科学施肥的推行，而且多头管理，会增加企业的负担，影响企业的生产经营，同时执行起来也很难做到公正、公平，容易产生腐败。
据了解，目前全国有效的复混肥料生产许可证持证企业达4000多家。记者在采访过程中，许多复合肥企业和复混肥企业也对此表达了强烈的不满。反映最多的是复合（混）肥每个配方都要登记、异地备案、临时登记和正式登记等问题。美盛化肥(烟台)有限公司副总经理王红霞认为，BB肥企业的特色就是根据土地养分和作物营养需要生产出不同配方的肥料，这也和当前国家提出的测土配方施肥要求相一致，应该大力提倡才是。但是现在每个配方都必须作一个登记，对BB肥企业的发展极为不利。美盛公司目前差不多有上百个配方，每年花在这上面的费用就是几十万元。而且大多数省份一年只办两次登记，有的一年还只办一次，所以企业必须在半年前就为未来要销售的肥料作出登记才行，不然即使研发出了新的产品也不能面市，对BB肥企业形成了很大制约。
而烟台五洲施得富肥料有限公司总经理王学江则多次反映说：“BB肥的优势就在于配方灵活,这样一品一证弄得证书一大摞，花费巨大；此外企业拿到登记证后，要凭登记证到各销售地一一备案，并将登记证和备案证大量复印，发放到各级经销商手中备查。而花费更大的是产品包装袋。按登记办法规定要一证一号，即一个品种必须对应一个包装印刷雕版，登记证到期和证号改变，原有的包装袋、单价近万元的印刷雕版都要跟着变。”
自2004年国家大力支持农业部门开展测土配方施肥工作以来，为满足施肥的需要，复混肥料（BB肥）生产厂家产品配方数量大幅增加。按《肥料登记管理办法》的要求，每个不同的新配方都要到省级农业主管部门登记，取得登记证后还要逐个到所要销售的省份备案。接受采访的复混肥料生产企业都表示，这些新配方大都是农业部门根据测土结果提供的，再到农业部门登记、备案，是一种明显不合理的要求，希望农业部能尽快修改肥料登记管理办法，将复混肥料（BB肥）列入免于登记的肥料产品目录。
磷肥协会也在《意见》中明确提出要求取消对化学肥料的登记，只对有机肥料、含微量元素肥料、中量元素肥料、微生物肥料、土壤调理剂、床土调酸剂等没有国家标准和行业标准的新型肥料进行登记。
