在我国，有机肥发展的前景非常广阔，其中最重要的一点就是我国资源丰富，为有机肥产业化发展提供可持续的原料供应：一是人类及动物排泄物；二是农作物秸秆；三是其它有机肥资源，如农副产品深加工及工业企业废弃物、部分城市垃圾等。同时，从环保角度看，环保政策支持有机肥产业的发展：比如垃圾污染、水体富营养化等，很多和以上废弃物的处理不当有关。其次，高品质生活对高品质消费品也有需求：优质的有机肥可有效提高作物的品质。优质有机肥不仅含有植物所需的氮、磷、钾等大量元素，也含有植物所需的钼、锌、铁、铜等微量元素，被称之缓释性的完全性肥料。
前景固然广阔，但有机肥的发展也有不利因素。比如说有机肥质量标准不易量化的问题：化肥有固定的成份，在标准方面比较容易界定，而有机肥在发酵程度、有害寄生虫数量、病源菌、杂草种子及有害的有机酸、有害气体、重金属等很难进行量化，这是有机肥质量标准制定的主要障碍。农户在有机肥施用方面也存在盲目性和不合理性，施用作物和地域不平衡等因素都不利于有机肥行业的发展。
有机肥行业的发展需要尽快制定行业标准，以利于产品推广和产业规模化发展、施用方面的机械化发展；另外，建立行业标准可有效维护行业安全，防止坑农害农事件的发生。
同时还要对新技术、新产品的开发加大投入力度；有机肥产业应该提高技术含量；再次，有机肥产业与相关产业的结合发展壮大提高自己；建立相关组织进行规范、引导行业发展是很有必要的。最后，有必要规范或建立有机肥原料收集、管理机制。商品化的有机肥和有机—无机复混肥的研发、生产与利用将是未来市场的主导。在各种不可再生资源的消耗过程中，有机原料却是取之不尽的，有机原料部分替代无机原料用于制造生产肥料是一种必然。但是在市场化经济条件下，单单依靠市场的推广及生产厂家的宣传是远远不够的，还必须有国家的一些相关政策扶持。
