生物有机肥是指特定功能微生物与主要以动植物残体（如畜禽粪便、农作物秸秆等）为来源并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。生物有机肥的效果可以归纳为，有利于农产品增产增收，改善农产品品质；有利于培肥土壤、改善土壤物理性质；改善土壤微生态系统；减少农作物病虫害的发生。
与普通有机肥相比，生物有机肥生产的技术含量相对较高，除了在腐熟过程中加入促进有机物料腐熟、分解的生物菌剂，以实现定向腐熟、除臭等目的，并且在产品后处理过程中加入具有特定功能的微生物，以提升产品的作用效果。同时，相对普通有机肥，生物有机肥的生产成本较高，因此主要应用在蔬菜、水果、中草药、茶叶、烟草等高附加值的经济作物上，并取得了较好的效果。
生物有机肥在改善农产品品质方面发挥着不可替代的作用，目前对优质的农产品并没有完全做到优质优价，这在一定程度上影响了种植户的积极性，使得生物有机肥的宣传、推广遇到了困难。近年来，生物有机肥在一些生态示范区、绿色和有机农产品基地方面得到了应用，这应是生物有机肥今后发展的主要方向。从整个农业产业及肥料市场发展状况来看，生物有机肥确实是农业用肥的一个发展方向。但此类产品目前处于市场推广阶段，在产品技术含量上要有质的提升。
例如，生物有机肥的市场管理、产品标签标识等方面也存在一些问题。许多以自然发酵生产的有机肥产品在省里获得了登记，而在市场上却冒充生物有机肥销售，在产品宣传上夸大强调其中的所谓“功能菌”的作用，严重干扰了正常的生物有机肥产品的市场销售和推广应用。这也与市场监管力度不足、缺乏必要的检测手段等直接相关，影响农民选购和应用，限制了生物有机肥产品市场的拓展。
目前，生物有机肥的宣传和销售基本上是以企业为主，但企业对市场的开发宣传及引导能力不足，影响生物有机肥料的推广应用。虽然近几年国家加大了对微生物肥料的宣传，但力度仍然不够，农民对生物有机肥认识度还很低。同时，部分企业存在着夸大、不实方面的一些宣传，造成一定的负面影响。加强生物有机肥料的推广和宣传工作，使广大农民认识到使用生物有机肥的重要意义，了解生物有机肥的作用，仅靠个别企业进行宣传推广是远远不够的。因此，各级农技推广部门要加强对生物有机肥的宣传、推广，从产品特性、作用功能、施用方法等方面，进行多角度全方位的宣传推广。
