从2000年《种子法》颁布之后，中国种业开始了市场化进程。但开放后，由于国内上万家种业企业规模普遍较小，难以形成具有国际竞争力的种子企业，结果跨国公司大量涌入，严重挤压了国内种子企业的生存空间，同时其又加紧在中国进行研发布局，对中国的种质资源和种子产业安全构成了威胁。如果不能尽快发展出一批具有国际竞争优势的种业企业，中国种子市场最后可能被若干家大型跨国种业公司所主宰。
跨国种业公司最早以蔬菜和花卉种子为突破口进军中国种子市场。由于政策、法律的限制和对中国市场不熟悉，一些国外公司最先采取合资的方式进入，如泰国正大集团与中国种子集团公司合资成立东方正大种子有限公司、荷兰纽内姆种子公司与中国种子集团公司合资成立纽内姆(北京)种子有限公司、美国好乐种子公司与新疆西域种业股份有限公司合资成立新疆西域好乐种子有限公司等。另一些国外公司则采取建立办事处或实验站的方式，等待时机。如1998年以色列海泽拉种子公司、瑞士先正达种子公司在山东寿光建立实验站；世界最大的种业公司之一美国先锋公司，在辽宁铁岭成立研究中心，东北三省都有其春玉米的实验基地，在山东、河北、河南等地也有夏玉米实验基地。美国圣尼斯种子公司上世纪90年代初在上海设立办事处。
2000年中国颁布《种子法》，国内种子市场，特别是蔬菜花卉市场对外资全面开放，蓄势已久的国外大公司如美国圣尼斯、瑞士先正达、法国利马格兰、以色列海泽拉、泰国正大、荷兰比久、荷兰瑞克斯旺、荷兰安莎等迅速在中国注册公司。目前，在中国注册的外资(含合资)种子企业已超过70家，主要从事蔬菜和花卉业务。在不到10年时间里，国外公司控制了中国高端蔬菜种子50%以上的市场份额，几乎涉及到所有蔬菜作物。国内主要规模化蔬菜生产基地，特别是出口型蔬菜生产基地，国内种子品种面临全线失守、全军覆没的困境。
最近几年，国外大公司进军中国大田作物种子市场。孟山都的许多产品在美国及世界市场上占据主导地位。1996年11月，孟山都与河北省种子站以及岱字棉公司合作成立冀岱棉种技术有限公司，这个由中方管理的合资企业第一次将保铃棉带入中国市场。1998年7月，孟山都宣布在安徽省成立第二个生物技术合资企业。
跨国公司进来可以提高中国种子产业的竞争意识，尽快与国际接轨，但对我们的挑战也是严峻的。以山东寿光为例，寿光及周边地区蔬菜种植面积 84万亩，年产蔬菜40亿公斤。寿光蔬菜种业经历3个阶段：上世纪90年代以前菜农自留种子；上世纪90年代初期，选购国内科研单位种子；上世纪90年代后期，由于国内种子企业、科研院所生产不出高档种子，他们只能被迫接受国外优质高价的“洋品种”。
在寿光，菜农们不得不接受“一克种子一克金 ”的现实。如以色列海泽拉公司的番茄种子“189”等、瑞克斯旺公司的茄子种子“布利塔”等、先正达公司的甜椒种子“方舟”等，每克都在100元上下。甜椒品种“蔓迪”更是开出了每克种子180元的天价，1克种子相当于1克铂金。国外公司每年在寿光及其周边地区通过销售高档蔬菜种子就拿走6亿元人民币。
目前生物技术的开发和应用正成为种子产业竞争的焦点。世界种业巨头在生物技术、新品种研发等领域投入越来越大，一般都在其种子销售额的10%以上。孟山都、先正达等跨国种子公司在这些领域占绝对优势。孟山都公司研究成功一项“终极基因”技术，以此来保护其品种权益。更为严重的是，中国很多种质资源被国外偷取和克隆以后，又反过来成为跨国公司制约中国技术发展的专利手段。我们的野生大豆种质资源被美国人获取后，通过分子标记等手段申请了160多项专利。在转基因水稻方面，绿色和平组织和第三世界网络曾联合公布《国外专利陷阱中的“中国”转基因水稻》报告。这一报告称，目前中国最有可能商业化的3种转基因水稻，其多项专利属于外国公司。
与世界主要国家相比，中国种业的市场集中度明显不足，整体实力十分薄弱。世界前10强的种业企业在世界种子贸易额中所占份额达35%，而中国前10强种业企业同期只占全球种子市场销售额的0.8%。国际种业市场垄断势头加剧，一系列收购、兼并活动推动种业整合重组。
