南方农村报记者对照了新旧标准，发现在大方向上主要存在五大差异：一是新标准进一步明确了有机无机复混肥的范围。新标准明确指出，此标准适用于以人及畜禽粪便、动植物残体、农产品加工下脚料等有机物料经过发酵，进行无害化处理后，添加无机肥料制成的有机-无机复混肥料。不适用于添加腐殖酸的有机-无机复混肥料。
二是新标准将有机-无机复混肥料产品分为Ⅰ型、Ⅱ型，并分别规定了指标。Ⅰ型总养分(N+P2O5+K2O)的质量分数≥15%，有机质的质量分数为≥20%；Ⅱ型总养分(N+P2O5+K2O)的质量分数≥25%，有机质的质量分数为≥15%。
三是在新标准中，将旧标准中的“大肠菌值”改为“粪大肠菌群数”，按GB/T19524.1进行测定。
四是新标准将旧标准中的蛔虫卵死亡率改为按GB/T19524.2进行计算。
五是新标准进一步细化了产品包装标识的规定；如，对标称硫酸钾(型)、硝酸钾(型)、硫基等容易导致用户误认为不含氯的产品不应同时表明“含氯”；含氯的产品应用汉字在正面明确标注“含氯”，而不是“含Cl”或“Cl”等，表明“含氯”的产品包装带容器上不应有忌氯作物的图片。
除了这些大方向上的差异之外，新标准还对一些技术指标做了细致更改，这也引发部分业内人士的不解。一位肥料生产企业负责人表示，一般来说，新标准的制定都是由于旧标准不再适应行业的发展，从而进行修订，总体上门槛提高，但此次新标准中多项技术指标却放宽了限制，有降低行业准入门槛的嫌疑。
记者发现，这些差别主要体现在：其一，含量标准降低。在新标准中规定“有机质≥15%，总养分(N+P2O5+K2O)含量≥25%”，而旧国标规定“有机质≥20%，总养分≥15%”。有企业认为，有机质含量要求降低其实是降低行业准入门槛，可能导致部分不法厂家采用更为低劣的有机原料，如生活垃圾、城市污泥等以降低生产成本，如果监管不力，势必导致农户购买到劣质有机无机肥料的几率增加，同时还会造成土壤的二次污染，从而影响整个行业的发展。
其二，水分标准降低。新标准中的水分标准为≤12%，而老标准是≤10%。对此，有企业笑称不知道是卖肥还是卖水？而且水分这么大，根本造不成颗粒，即使勉强造成颗粒，也会极易粉碎，而标准还要求造粒，存在自相矛盾的嫌疑。
其三，新标准要求肥料必须是颗粒状或条状。对此，有企业认为，有机无机肥本身就是长效肥，不造粒的效果更好，而且成本还比较低。反而是造粒后，很多营养会受到损失，而且更多营养元素难以添加进去。
对上述三大疑惑，全国有机肥专业委员会主任、南京农业大学教授沈其荣进行了回应。他说，有机质含量的降低是充分考虑企业生产实际的结果，当前很多优质有机肥原材料的有机质含量小于20%，而以其为原材料时，生产厂家为了达到标准就不得不在其中另外添加高含碳量的原料，如褐煤、木屑等，这对产品质量提升没有起到作用，反而增加了企业的成本。因此，在新标准中，就将有机质含量调至15%。
至于水分标准降低和必须颗粒化，沈其荣分析说，对有机-无机肥来说，其中的活性微生物对肥效起很关键的作用，而如果水分要求太低，产品就需进行烘干，从而将微生物杀死，大大影响肥效。而产品如果不造粒就会成为粉状，这样不仅容易被风吹跑、流失快，而且还不好使用。所以新标准将水分含量要求降低和产品颗粒化，既降低企业生产成本，还可以提高肥料生物效果，是完全科学合理的。
