目前，生物肥料研发模式仍较为传统有待改革。
生物肥料在我国开发利用较早，其在改善作物品质、降低成本、提高产量、减少环境污染、改善土壤性质方面具有重要作用。
我国近年生物肥料专利增加较快，个别生物肥料企业已经或即将进入其他国家市场。据统计，截至2011年8月，获得农业部正式登记的微生物肥料品种有621种，临时登记的品种有648种。现有生物肥料企业500余家，年产量450万吨、应用面积666.7万公顷、产值80亿元，在生产中发挥了较大作用。
我国生物肥料的研究开发模式仍较为传统，以大学、科研单位作为创新主体完成的技术与产品研发无法快速、有效地转化为企业的产品；我国现有的生物肥料生产企业多数规模较小，设备工艺不足，还没有成为生物肥料的创新主体。
国家虽然在生物肥料方面实行登记管理制度，但管理力度和有关政策有待完善；生物肥料的宣传、生产和销售还没有很好地结合在一起，农业经营者在生物肥料上的认识还不够，其销售比例在全国肥料中比重偏低。
