我国磷肥行业已经陷入了产能过剩的困境，但目前国内仍有企业在扩大产能。据国际肥料工业协会统计，在未来5年全球新建的40套磷肥装置中，我国就占了18套，预计到2010年，我国磷肥的产能还要增加300万吨。
中投顾问化工行业研究员常轶智认为，多年来，由于我国磷肥行业的项目建设由企业和地方自自行决定，相关部门缺乏对该产业的系统规划和宏观调控，因此造成了目前产能过剩，资源利用不合理等问题。
在产能方面，据中投顾问发布的《2010-2015年中国磷肥行业投资分析及前景预测报告》显示，目前我国磷肥行业国内产能为2000万吨，但是需求量仅为1200万吨。然而，由于相关部门缺乏调控，地方政府盲目的追求GDP，加上企业的逐利性，一些新的产能还在源源不断地上马，现在，装置的开工率只要保持在50%的水平就可以满足市场的需要。
而在资源方面，我国磷矿虽然多，但是平均品位仅为17%。据中投顾问发布的《2010-2015年中国磷肥行业投资分析及前景预测报告》显示，我国保有磷矿资源储量为167.86亿吨，但可开采量只有21.11亿吨，其中品位大于30%的富矿仅占6.6%，只有11.08亿吨，主要集中在云、贵、川、鄂4省的八大磷矿区。而大部分磷矿需要进行精选以后，才能用于高浓度磷复肥的生产，而且胶磷矿多，洗选难度大，洗选出来的磷精矿价格也高。
常轶智指出，由于磷矿在各种磷肥生产成本中占25%-50%，对于大多数磷肥厂而言，价格太高的磷精矿用不起，加上在20世纪90年代，高浓度磷复肥被确立为我国磷肥产业发展的方向，人们偏向于生产高浓度磷复肥，因此，在磷肥生产中企业就会使用有限的高品位磷矿资源而废弃中低品位的磷矿资源。这样，就造成了磷资源的利用现状极不合理，不仅浪费了中低品位磷矿，也使得我国高品位磷矿的供应呈现紧张的局面。
据中投顾问发布的《2010-2015年中国磷肥行业投资分析及前景预测报告》显示，美国、北非等产磷国资源回采率可达95%-98%，我国露天矿可达98%以上，地下矿可达71.1%，但是产量占全国总产40%以上的小型开采企业回采率仅30%甚至更低，资源浪费情况严重。而且经过多年的开采，富矿储量已经越来越少，以目前的开采速度20年左右将开采完毕。
