我国微生物肥料这几年可以说是蓬勃发展。主要体现在：1.产业体系形成，农业部登记的产品种类有11个，1400多个证。全国目前约有800多家微生物肥料企业，年产量超过500万吨。2.微生物肥料菌种种类不断扩大，所用菌种已不限于根瘤菌，目前使用菌种达到80多种。3.微生物肥料的应用效果在增产、改质、减少化肥用量、防病等方面逐渐被农民认识，应用面积不断扩大。4.质检标准体系基本形成。农业部将微生物肥料纳入国家检验登记管理范畴，对微生物肥料的生产、销售、应用、宣传等方面进行监管。5.少数产品开始进入国际市场。
微生物肥料的主要种类有多种分类方法。按其产品类型划分：农用微生物菌剂、生物有机肥、复合微生物肥料。按微生物种类划分：根瘤菌、固氮菌、芽孢杆菌、光合细菌、纤维素分解菌、乳酸菌、酵母菌、放线菌和真菌等，其中以根瘤菌、芽孢杆菌类的研究最深入、应用最广泛。当前我国生产上使用的菌种主要为根瘤菌、固氮菌、解磷菌、解钾菌、放线菌及生防促生菌等。按产品剂型划分：液体、粉体、颗粒。
其发展趋势有以下三点：1.由单一菌种向复合菌种转化。一般都是复合两到五种菌，有的说用了100多种菌，那可能是在糊弄人。2.由单纯生物菌剂向复合生物肥转化。因为缺乏了养分，农民不愿意接受，为了市场的需求必须这样做。3.由单一剂型品种向多元化转化。比如，根据不同情况需要与掺混肥、配方肥配合使用的，还有需要机播的等等，为了适应不同的施用方法，需要多元化的剂型。
生物肥料各有各的作用，不同的肥有不同的作用。比如说有降解污染的、分解农药残留的、秸秆腐熟的、抗病防虫的、促生的等等。它的功能作用归纳起来主要是两个方面：一是提高化肥养分有效利用率；二是抗旱能力的提高和增强植物的抗病虫能力；三是促进生长，主要目的是改良土壤。
