一、受管制的化肥价格与上下游价格放开的矛盾
化肥是农业生产所需的主要生产资料，其价格直接影响到种粮成本、影响到粮价、进而影响到社会的稳定，因此，长期以来国家对化肥价格的变化格外关注：只要肥价大幅上涨，肯定会出台调控政策和限价措施。
然而，与化肥有关的上下游产品（原料、能源）的价格已经放开，上游原材料价格上涨，化肥成本就会上升。近两年煤炭、天然气、磷矿石、硫磺、硫酸等价格均大幅上涨，特别是进口硫磺、钾肥的涨幅十分惊人，导致化肥的生产成本成倍增加。由于对化肥实行限价，化肥成本的上升无法向下游转移。化肥限价破坏了价格形成机制，人为割裂了上、中、下游产品之间的价格链。虽然国家的限价也会适当调整，但因程序复杂、幅度有限、时间滞后，使企业无法适应市场竞争。
在这种情况下，企业往往在尚能承受时尽量执行国家限价，但随着成本的继续上升，则会采取变通的方式上调价格，使限价名存实亡。如目前仍在实行的1725元（吨价，下同）的尿素最高出厂限价，但尿素实际价格已达2300元甚至更高。再如二铵春耕时的最高出厂限价是4100元，而实际则达4400元以上。而且，由于企业变通涨价是违规行为，故涨价的时间、数量、幅度、范围、对象等均受制约，企业无法将真实的成本完全向下游转移。
二、原料、能源、运输的政策优惠价与正常市场价并存的矛盾
目前，大型化肥企业生产用电、用气享受计划内的优惠价，化肥铁路运输享受2号特殊优惠价，并免征铁路建设基金，这几项优惠政策每年将使化肥企业受惠约150亿元。但随着煤炭、石油、天然气、电力价格的逐步放开，形成了现实中的“价格双轨”。由于计划价大大低于市场价，原料、能源企业不愿将产品卖给享受优惠价格的化肥企业，使化肥企业用电、用气难以保障，导致生产不能满负荷。而铁路部门在运力紧张时，同样会优先安排运价较高的煤炭、钢铁运输而使化肥运输受到影响。
三、“一刀切”限价与化肥价格地区差、季节差的矛盾
政府对化肥限价往往采用“一刀切”的方式，但由于化肥企业的生产工艺、原料路线不同，他们的成本差异很大。以尿素为例，煤头尿素企业的成本最低，气头企业次之，油头企业成本最高。2007年以前，三类尿素企业的成本每吨相差400~500元，油头企业的成本在1700元以上，煤头企业只有1300元。而不同成本的企业同样执行1725元出厂限价，油头企业就会亏损。
此外，在不同的季节化肥价格是有涨有落的，淡季价格低，旺季价格高。由于企业在淡季储备化肥要增加成本，因此在淡季结束后的用肥旺季适当提高肥价完全是合理的。但化肥价格的这种上下波动，涨的时候就可能超过限价，而只要超出限价就是违规。因此，“一刀切”的限价方式既削平了不同企业化肥价格上的地区差，使因客观原因导致成本较高的化肥企业经营效益下降，甚至出现亏损；又使化肥价格不能真实反映供求关系的变化，使生产、流通企业淡储化肥增加的成本在价格上得不到体现。
四、国内相对稳定的肥价要求与国际价格大幅飚升的矛盾
为了保障国家的粮价稳定和粮食安全，我们要求国内的化肥价格相对稳定。但近两年来，国际市场化肥及其原料价格大幅飚升，严重影响了国内化肥成本、价格的稳定。目前国际市场二铵FOB价格达到1200美元，尿素FOB价格达到700美元。这吸引着国产尿素、二铵、一铵大量出口，造成国内化肥资源不足，价格飚升，影响了农业生产，而严重依赖进口的钾肥、硫磺资源则成为国内本轮化肥价格大幅飚升的罪魁祸首。一年多来，进口氯化钾价格上涨2倍，达到现在的5000元；进口硫磺价格上涨10倍，达到现在的6000元，这使二铵成本大幅上涨到目前的4600元以上。而国际煤炭价格大幅上涨也带动国内煤价的上涨，使尿素企业成本压力与日俱增。
虽然我们对化肥进行限价，但是钾肥、硫磺价格飚升带来的化肥成本上涨却无法控制，化肥成本的不断上升就会推动肥价不断上涨，最终使政府限价名存实亡。
五、氮肥、磷肥产能过剩和国内需求有限的矛盾
今年4月中旬，国家出台了对所有化肥加征100%临时出口关税的政策，并要求铁路部门4月30日前不得安排化肥出口的运输。这一措施将源源不断的出口化肥封堵于国门之内。
其实，国家当然知道国内尿素、二铵、一铵、复合肥产能都不同程度地过剩(尿素多出600万吨、二铵多出200万吨、一铵多出350万吨)，一旦出口堵死，肯定不利于化肥企业正常的生产经营，化肥行业的发展也将受到较大的影响。适时、适量地出口部分化肥有利于企业做好生产平衡和余缺调剂，有利于企业的平稳发展。但是，2007年以来，国际化肥价格犹如一匹脱缰的野马，虽然国家三番五次提高化肥出口关税，但仍无法阻止化肥的大量出口。可见，如何保证化肥出口统而不死、合理分流，既可适当消化国内过剩的化肥产能，又能避免国内化肥供应不足、肥价大幅上涨，需要国家主管部门、业内人士共同的智慧。
