发达国家农药生产污染物治理方法通常是焚烧法、化学氧化法及活性碳吸附。这些技术有很好的处理效果，但也需要很高的运行费用。与发达国家相比，中国农药行业污染物治理与达标情况，无论在管理上、治理技术的应用上以及标准的执行方面都存在一定的差距。我们应借鉴国外经验并结合国情，从原料到产品全过程控制污染，逐渐与国际接轨。
改进工艺、提高收率永远是农药企业追求的目标。如何淘汰落后工艺，到目前还很少有可行的解决办法。在农药工业水污染物排放标准实施后，通过标准的执行，把保护先进工艺、淘汰落后工艺法制化，从而在合成工艺中消除或减少废水排放。
清污分流应该具体到每一个工段。高浓度废水大部分是有毒的，必须单独收集，这样才能便于管理和治理。清污分流属于农药企业管理的范畴，是保证高浓度废水预处理和特征因子处理的基本条件。目前有许多农药企业没有搞这种完善的清污分流。混合到一起处理，既达不到处理效果，增加处理难度，又浪费了大量资金，且排入下游会经常产生污染事故，不可降解物在下游某一区域长期积累。
许多原料、中间体、甚至农药原药都以废水的形式排放，而上述成分很多是农药排放标准中的特征污染物。这些污染物也是可利用的资源，应开发资源回收技术。例如从莠去津废水中回收莠去津、从2，4-D除草剂废水中回收2，4-D产品及2，4二氯酚等技术，既回收了有用资源，又能使特征污染物达到排放标准，同时得到环境效益，降低处理成本。研究开发资源回收技术是解决农药行业污染的途径之一。
合成一种农药产品，能产生特征污染物的只是局部一两个点，主要以废水形式产生，水量小、浓度高、毒性大，可将该类废水单独收集、单独处理。应研究开发针对每一种农药特征污染物的处理技术，去除率要求很高，特征污染物含量应该以PPB级控制，在特征污染物处理上力争与国外发达国家接轨。
目前国内农药行业技术可行、经济合理的高浓度废水预处理技术很少。因此，高浓度废水预处理与资源再利用技术结合会有广泛的应用前景。
农药废水有特殊性，有许多实用环保技术引入农药行业失败的例子。许多企业都有闲置废弃的环保装置，浪费了大量资金。农药废水治理应针对水中的特殊成分，开发、研究处理技术，不能照搬、套用通用技术。废水处理的过程应是化学过程。
