6月30日铁道部下发通知，决定自7月1日起，适当调整铁路化肥整车运价。新运价变更为：基价1为6．40元／吨，基价2为0．0378元／吨公里。
以运距1000公里计算，1吨化肥的新运价比旧运价要高9．3元，运距越长，增加的运费越多。有资料显示，全国化肥平均运输距离约为500公里，以此计算，铁路运价平均要提高5．65元／吨。而这次运价调整，只对化肥一个品种进行调整，其他货物都没有调整。主要原因就是铁路部门对化肥运价一直实行优惠政策，化肥运价偏低，相关部门要对化肥铁路运价进行理顺，逐步缩小同其他货物的差距，使整个铁路运价体系更科学、更合理，这实际上也是化肥市场化改革内容的一部分。
就整体而言，目前铁路部门仍然继续对化肥运输实行优惠政策，只不过优惠幅度有所减小罢了。化肥运价目前在所有货物的运价中仍然是比较低的，另外仍然免征铁路建设基金，这是对化肥行业的最大优惠，如果不免征铁路建设基金，化肥铁路运价基本上要在现有运价上翻番。
2005年7月国家发改委出台《改革和完善化肥价格调控机制的方案(草案)》，提出化肥市场化改革的目标是“一直补两取消”(取消限价，取消优惠政策，直补农民)，近几年一直在向这个方向努力。直补农民从2006年就开始实施了，建立了农资综合直补制度；今年1月24日国家发改委、财政部联合下发了《关于改革化肥价格形成机制的通知》，除进口钾肥外的所有化肥限价均被取消，三个目标中实现了两个。本来按道理化肥优惠政策也要取消了，但国家为了扶持化肥行业发展，在1月24日的化肥价格形成机制改革方案中，明确提出对化肥企业的电价、气价、运价、税收优惠暂不取消，这是对化肥行业的最大支持。
但优惠政策暂不取消并不等于永远不取消。由于长期以来国家一直对化肥行业实行优惠政策，导致有些化肥企业得了“优惠政策依赖症”，习惯于依靠国家优惠政策过日子，躺在优惠政策上睡大觉。现在这些企业该醒醒了，这次铁路运价调整只针对化肥行业就给这些人敲了警钟，化肥优惠政策是会越来越少的，最终都要全部取消，这一天迟早是要到来的。铁路运价调整，有人就把它称为“温水煮青蛙式的上涨”——调整的频次比较多，但每次上涨的幅度都不大，去年7月1日调了，今年7月1日也调了，以后是否会每年的7月1日都会调整不知道，但总体而言，化肥铁路运价是会越来越高，这点是毫无疑问的。
从目前的情况看，完全取消化肥各种优惠政策可能还有一个比较长的过程，但对化肥企业而言，提前做好准备很有必要，要减少对优惠政策的依赖，苦练内功，大力降低生产成本，不断提高产品质量，提高市场竞争力，多为农民生产价廉物美的优质化肥，为农业生产发展、国家粮食安全作出积极贡献。
