关税水平总体有所降低，划分更加细致。下半年国内化肥市场完全没有了上半年的火热情形，销售淡季加上主要原材料价格下跌导致产品价格持续下跌，出口受限致使市场供大于求，化肥企业经营状况急转直下，陷入困境。其中磷肥行业形势最为严峻，硫磺价格一个季度内暴跌去8成，加之又处消费淡季，下游客户观望情绪浓烈，需求急剧萎缩且出口被堵，产品价格快速下跌，磷酸一铵(MAP)价格三季度以来已被腰斩，磷酸二铵(DAP)价格也在继续走低。国内磷肥企业生产负荷严重降低，库存积压无法消化，几乎面临全行业亏损。氮肥行业整体供过于求，7月淡季以来，产品价格持续走弱，而主要原材料煤炭价格回落滞后，给氮肥生产带来很大成本压力，行业大面积停产。
新化肥出口关税政策是在政府调研化肥市场和企业并听取行业专家意见后的得出结果，总的来看，新化肥出口关税降低了企业出口税赋，比如尿素，旺季特别关税从150%降低至75%，下调一半；淡季关税最低可至10%，较2008年的25%和30%也有较大幅度下调。另外，新化肥出口关税在淡旺季的划分上具体至月份，同时考虑了不同化肥品种之间的淡旺季区别，分别设定关税，显得更加科学、细致。
权衡国内外市场，设定基准价。与以往关税政策不同的是，本次新出口关税为氮、磷肥出口分产品设定了淡季出口基准价。淡季出口时，若出口价低于基准价，则适用10%的出口关税；若出口价高于基准价，则按公式计算出口关税(税率=(1.1-基准价格/出口价格)*100，不同产品基准价见附表)。基准价的设定一方面表明政府控制国内化肥价格的初衷仍未改变，必须考虑国内农民承受能力，不希望生产企业为追求利润大量出口，从而拉高国内价格，因此对高过基准价的出口征收高于10%的关税，出口价越高，关税越高；另一方面也表明政府开始考虑生产企业的生存状况，允许适当出口，而不是像2008年一样基本堵死出口。总体而言，新出口关税政策在一定程度上能够缓解氮、磷肥行业产能过剩的压力，平缓国内市场价格旺季暴涨、淡季暴跌的局面，对生产企业更温和，有利于企业提高经营效益。
基准价设定较高，企业出口热情将重获燃烧。目前国内市场尿素出厂价为1600-1700元/吨，磷酸二铵为2700-3200元/吨，磷酸一铵为1800-2000元/吨，而这三种产品的基准价分别为2300元/吨、4000元/吨、3700元/吨，可见出厂价和基准价差距不小。在国内处于消费淡季，需求疲软的情况下，企业的出口热情将重获燃烧。
磷肥行业受益程度高于氮肥。结合国际市场来看，由于国际上尿素主要以天然气为原料，而天然气价格跌幅高于煤炭，致使国际尿素价格跌幅也高于国内。二季度国际尿素价格基本在700-850美元/吨，目前小颗粒FOB价在230-250美元/吨(折人民币1564-1700元/吨)，大颗粒在250-280美元/吨(折人民币1700-1904元/吨)，国内尿素出厂价加上运输、仓储、保险等费用后与国际市场价格已十分接近，年内出口并无大利可图，因此12月1日尿素出口难以迅速恢复旺盛。短期而言，出口关税下调对尿素的影响在于缓解市场看跌情绪，阻止国内价格进一步下跌。2009年，根据预测国内煤炭价格还将有较大幅度下跌，国内尿素企业成本会进一步降低，而国际天然气价格由于前期已大跌，后期应相对稳定，国际尿素价格易涨难跌，因此2009年尿素企业出口获利能力会高过目前，企业在淡季出口预计可获得合理盈利。
磷肥情况与氮肥不同，国内磷矿价格远低于国际市场，硫磺价格与国际市场基本一致，因此国内企业磷肥市场成本低于国外。以硫磺900元/吨，磷矿400元/吨，合成氨2800元/吨测算，国内DAP生产成本在2100-2200元/吨，虽然国际DAP的FOB价也从高位的1100-1200美元/吨跌至目前的550-650美元/吨(折3740-4420元/吨)，但其间差价仍达到1600-2200元/吨，扣除运输、仓储、保险等费用和淡季10%出口关税后，企业仍有1100-1600元/吨左右的盈利。国内磷肥恢复出口后国际市场价格有进一步下行的可能，考虑到即使国际市场DAP价格跌至500美元/吨，出口仍有较好回报，因此12月1日开始，国内磷肥出口将恢复旺盛。
